Разные виды микробов предпочитают разные виды пищи. Многие "всеядны", однако некоторые питаются чем-то одним. Так, Bacteroidetes питается жирами, Prevotella лучше всего растет на углеводах, а Bifidobacteria предпочитает клетчатку. При этом все микробы нуждаются в постоянном снабжении пищи для роста и воспроизведения. Исследования показали, что недостаток питания делает микробиому "вирулентной", таков ее механизм выживания. Вирулентность в отношении микробов означает способность микробов наносить вред своему "хозяину", в данном случае - человеку.
Когда микробы перерабатывают пищу, они производят побочный продукт, метаболиты. Микробные метаболиты включают нейроактивные вещества; при этом они достаточно малы, чтобы преодолеть кровяной барьер и попасть в мозг человека. Исследования показали, что люди с сильной любовью к шоколаду имеют отличные продукты жизнедеятельности микробов в моче, чем люди к нему равнодушные. Так, такие метаболиты как короткоцепочечные жирные кислоты (SCFAs) способны менять экспрессию генов клеток по всему организму, включая клетки мозга. Другие метаболиты способны мимикрировать под гормоны голода и сытости.
Кроме того, более 50% дофамина, 90% серотонина и 30% нейротрансмиттеров в теле человека производятся в кишечнике. Эти вещества критически важны для общения нервных клеток; а дофамин и серотонин также участвуют в регуляции пищевого поведения. Микробы также способны влиять на нейропластичность человеческого мозга - то есть возможность мозга создавать новые нейронные пути. Последнее может быть решающим при формировании новых пищевых привычек.
Также имеет значение разнообразие микробиомы кишечника: чем больше разных видов микробов, тем меньше человек подвержен их влиянию. Исследования показали, что у людей с ожирением разнообразие микробиомы значительно ниже, чем у людей с нормальным весом.